Al igual que Digital Devil o Devil Summoner, Persona es un spin-off del gran mundo de Shin Megami Tensei. El protagonista es un joven de 17 años que ingresa en un nuevo instituto, pero en su primer día de clase es atacado por una fuerza oculta conocida como Sombras que sólo unas pocas personas pueden ver. A raíz del incidente el chico conoce su poder, el de invocar a un alter ego (que recibe el nombre de "Persona") capaz de desplegar diversos poderes dentro del mundo espiritual. Una vez que su poder latente sale la luz, nuestro héroe se une a un grupo de estudiantes llamado S.E.E.S que también comparten su habilidad y que pretenden acabar de una vez por todas con las Sombras.
Pero el jóven estudiante tiene una característica especial que lo diferencia de los demás: es capaz de transformarse en una gran variedad de "Personas", mientras los que son como él sólo son capaces de tener un alter ego determinado. A raíz de esta particularidad será elegido líder del grupo en la lucha contra el enemigo.
